Les MFR proposent des formations par alternance par voie scolaire ou par apprentissage qui ont toutes la même caractéristique : une partie de la formation se déroule en entreprise, une autre partie à la MFR. Les élèves se forment, préparent un diplôme et apprennent à vivre ensemble, en collectivité, dans la société.
C'est dans cet esprit que la majorité des élèves scolarisés en Maison familiale est inscrite en internat.

La finalité est de permettre à tous les apprenants de réussir tant d’un point de vue personnel que social et professionnel, d’intégrer le monde des adultes et de trouver leur place dans la société.

Une Maison accueille en moyenne 150 élèves. Tous les élèves ne sont pas présents en même temps du fait de l'alternance.
C'est une des particularités des Maisons familiales rurales : un nombre d'élèves relativement limité pour garantir proximité et convivialité au sein de l'établissement.

La pédagogie des MFR est basée sur l’alternance de semaines de cours et des semaines en entreprise.
Les Maisons Familiales Rurales :

• Élaborent un plan de formation qui organise les apprentissages entre les différents lieux éducatifs sur l’année,
• Préparent les séjours en entreprise,
• Proposent un carnet de liaison qui facilite la communication entre les parents, les maîtres de stage ou d’apprentissage et la MFR.

Les expériences de mobilité des jeunes, des moniteurs, des maîtres de stage à travers l'Europe et le monde sont diverses et variées : voyages d'étude, stages, échanges... Elles permettent aux apprenants et à leur famille de s'ouvrir sur de nouvelles réalités socioprofessionnelles et donc de renforcer leurs compétences.

Les MFR de Provence sont engagées dans la démarche Développement Durable dont l'objectif est de faire des apprenants les éco-citoyens de demain. Elles sont toutes labellisées E3D (Etablissement en Démarche Développement Durable).

Les MFR accordent une place privilégiée aux parents. Dès l’inscription des jeunes en formation, les familles deviennent adhérentes de l’association. Elles sont majoritaires dans les conseils d’administration. Ce rôle reconnu dans les statuts se traduit par une vie associative vivante qui permet d’impliquer tous les parents.